Por impulso e inspiración del Dr. Enrique J. Schnack, entre otros, fue creado el entonces Centro de Geología de Costas el 16 de junio de 1978, perteneciente a la Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP) y Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires (CIC), este hecho fue luego formalizado el 27 de febrero de 1979 por Ordenanza del Consejo Superior Nº 129/79. Al poco tiempo quedo establecida su dependencia funcional en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales por Resolución de Rectorado 141/79.
En esa etapa temprana se sustentó su existencia sobre la base de unas pocas líneas de investigación relacionadas con proyectos de investigación en geología costera, dinámica litoral y de minerales de interés económico en playa, hidrogeología en ambientes costeros y estudios de paleosuelos en secuencias cuaternarias.
Posteriormente el Centro de Geología de Costas se transformó en un centro de investigación de pertenencia exclusiva de la Universidad Nacional de Mar del Plata bajo la denominación Centro de Geología de Costas y del Cuaternario; pese a que su relación con la Comisión de investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires había cesado en cuanto pertenencia directa, la relación institucional se continuó en base a la presencia de investigadores, becarios, profesionales de apoyo y proyectos de investigación financiados en parte por la CIC.
Desde esos momentos las actividades de la institución se desarrollaron en tres ejes primordiales de actuación: investigación, docencia y extensión universitaria (que en su primera concepción incluía la transferencia), logrando posicionarse en cuanto a los dos primeros con solvencia en la UNMdP y en el sistema científico nacional (por ejemplo a partir de numerosos investigadores y becarios de CONICET con lugar de trabajo en el IGCyC) y logrando en los últimos dos aspectos un alto reconocimiento social.
En consonancia, se desarrollaron grupos de investigación y de extensión universitaria que acompañaron al crecimiento y la evolución temática de las primeras líneas de trabajo y los propios intereses de los docentes- investigadores de la Universidad Nacional de Mar del Plata.
En el año 2008 mediante la OCS 460/08 el entonces Centro de Geología de Costas y del Cuaternario se transforma en el Instituto de Geología de Costas y del Cuaternario.
El 25 de noviembre de 2015 el Presidente de la Comisión de Investigaciones Científicas de la provincia de Buenos Aires, Ing. Agr. José María Rodríguez Silveira firmó un convenio con el Rector de la Universidad Nacional de Mar del Plata, Francisco Morea, por el cual el Instituto de Geología de Costas y del Cuaternario (IGCyC) se convirtió en centro asociado a la CIC.
Mediante Ordenanza de Consejo Superior 1845/16 se ratifican los términos del Convenio suscripto entre la Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires (CIC) y la Universidad Nacional de Mar del Plata para la asociación y funcionamiento del Instituto de Geología de Costas y del Cuaternario.